1991. aastal, kui Eesti Vabariigi iseseisvus taastati, puudusid riigil nii riigikaitsestruktuurid kui vähimgi kaitsevõime. Relvajõud tuli üles ehitada nullist. Esimese riigikaitseorganisatsioonina taastati 17. veebruaril 1990 kodanikualgatuse korras Kaitseliit. Parlamendi otsus Kaitsejõudude loomise kohta langetati 3. septembril 1991. Otsuses fikseeriti kaitseväe komplekteerimise aluspõhimõtteks üldine kaitseväeteenistuse kohustus. Kuni Põhiseaduse jõustumiseni määrati Kaitsejõudude üldjuhtimise teostajaks Eesti Vabariigi Kaitsenõukogu, mille liikmed olid parlamendi esimees ja juhataja ning valitusjuht. Kaitsejõudude peastaap taastati 31. oktoobril 1991 ja kaitseministeerium 13. aprillil 1992. 18. juunil nimetati esimeseks kaitseministriks Ülo Uluots, kes sõnastas Eesti kaitsedoktriiniks skeptiliselt „elu võimalikkuse loomise Eesti kaitseväes” – esialgu puudusid nii valdkonda reguleeriv seadusandlus, relvastus, rahvuslik sõjaväelaste kaader ja väljaõppesüsteem kui ka traditsioonid.
1992. aastal nimetati esimeseks peastaabi ülemaks kolonel Ants Laaneots ja 1993. aastal esimeseks sõjajärgseks kaitseväe juhatajaks kindral Aleksander Einseln. 1992. aastast alates rakendati kaitsejõudude peastaabis NATO staapidele vastavat osakondade struktuuri ja tööprotseduure. 1992. aasta alguses oli kaitseväes 85 inimest – 27 peastaabi ametnikku, 48 ohvitseride kursuse kuulajat ja 10 ajateenijat. Aasta lõpuks oli kaitseväes juba 829 ajateenijat, 213 kaadriallohvitseri ja 84 ohvitseri. Esimesed väeosad olid Kalevi pataljon Jägalas, Viru pataljon Jõhvis ja Kuperjanovi pataljon Võrus. Mere- ja õhuvägi taastati iseseisvate väeliikidena 1994. aastal.
Kaitseväe algaastate keerukatest olmeprobleemidest kasvas välja Pullapää intsident – Läänemaa Vabatahtlike Jäägerkompanii ei tahtnud Paldiskisse ümber asuda, deklareeris 1993. aasta juulis kaitsejõudude juhtimise alt lahkumist ja keeldus seejärel laiali minemast. Olukorda püüdsid populistlikult ära kasutada mitu poliitikut. Relvastatud konflikt suudeti siiski ära hoida.
Allohvitseride väljaõppeks asutati Võru lähedal Meegomäel Kaitseväe lahingukool. Endises Nõukogude Liidus ja lääneriikides hariduse ja kogemuse saanud ohvitseridele lisaks hakati ohvitsere koolitama lühiajalistel ohvitserikursustel ja ka Riigikaitse Akadeemias. Samal ajal õppisid Eesti ohvitserid ka välisriikides: eriti Soomes, aga ka Saksamaal, Ameerika Ühendriikides ja Taanis. 1998. aasta märtsis asutati Eesti sõjakool – Kaitseväe Ühendatud Õppeasutused. Samal aastal avati Tartus Eesti, Läti ja Leedu ühine, staabiohvitsere ettevalmistav kõrgem sõjaväeline õppeasutus Balti Kaitsekolledž, mis sai suurt rahvusvahelist toetust NATO liikmesriikidelt.
Kaitseväe esimesed relvad olid lisaks miilitsalt päritud Kalašnikovi automaatidele ja Makarovi püstolitele 2000 Rumeenias toodetud 7,62 mm kaliibriga Kalašnikovi automaati, mis osteti 1992. aasta septembris. 1993. aasta jaanuaris sõlmiti leping Iisraeli firmaga TAAS-IMI, mille alusel tarniti Eestile kolme aasta jooksul kergerelvi ja varustust kokku 12 000 sõduri tarvis: 5,56 mm automaatrelvad Galil, kergekuulipildujad Negev, püstolkuulipildujad Mini-Uzi, tankitõrjerelvad jne. Relvi telliti ka Hiinast. 1997–2002 saadi tasuta relvastust USA-st, Rootsist, Norrast, Saksamaalt ja Prantsusmaalt.
Riigikaitse ülesehituse põhimõtted fikseeriti Põhiseaduse 10. peatükis. Riigikaitse keskse põhimõtte järgi kaitsevad riiki Eesti kodanikud üldise põhiseadusliku kohustuse alusel. Riigikaitse kõrgeim juht Põhiseaduse järgi on president.
Kaitsejõudude rahvusvaheline koostöö sai raamistiku 1994. aastal NATO poolt välja töötatud rahupartnerlusprogrammiga, mis oli mõeldud Kesk- ja Ida- Euroopa riikidega poliitilise ja sõjalise koostöö arendamiseks. Välissuhtluses hangiti väärtuslikke kogemusi riigikaitse ülesehitamiseks, see pani aluse koostöövõime arendamisele NATOga.
1996. aastal kiitis Riigikogu heaks „Eesti riigi kaitsepoliitika põhisuunad”, mis esmakordselt fikseeris eesmärgina NATOga liitumise. Dokument sõnastas riigikaitse arendamise kahel teineteist täiendaval ja omavahel seotud suunal: iseseisva kaitsevõime loomine ja rahvusvaheline riigikaitselane koostöö. 1999. aastast hakkas Eesti täitma NATO liikmelisuse tegevuskava (MAP – Membership Action Plan), mis sõnastas iga-aastased eesmärgid riigikaitse arendamisel. MAP-i alusel koostatud aastaplaanid olid Eesti riigikaitse esimesed süsteemsed tegevusplaanid, mis mõtestasid riigikaitset erinevate valdkondadega tihedalt seotud tervikuna. 2002. aastal sai Eesti kutse NATOsse ja alates 2004. aastast on Eesti NATO liige. NATO liikmena on Eestil esimest korda ajaloos selge julgeolekutagatis. Samal ajal vastutab Eesti ka oma liitlaste julgeoleku eest ja on võtnud endale kohustuse arendada oma kaitsevõimet. Eesti, Läti ja Leedu õhuruumi valvavad 6-kuuliste vahetuste kaupa NATO riikide püüdurhävitajad.
Õhuseiredivisjon Ämaris peab avastama ja identifitseerima Eesti õhuruumis ja selle lähiümbruses lendavaid objekte, olles osa NATO integreeritud õhukaitsesüsteemist. Ka 2003. aastal Kellavere mäele paigutatud õhuseireradar TPS 117 jälgib Eesti õhuruumis toimuvat.
Mereväe laevastiku kodusadam on Tallinna Miinisadam. Miinitõrjeoperatsioonidel Eesti vetest leitud ja kahjutuks tehtud ligi 500 miini on muutnud laevaliikluse ohutumaks. Staabi- ja toetuslaev Admiral Pitka oli aastail 2005–2006 NATO kiirreageerimisüksuse (NRF – NATO Response Force) koosseisus.
Eesti kaitseväelased osalevad alates 1995. aastast rahvusvahelistel sõjalistel missioonidel NATO, ÜRO ja Euroopa Liidu egiidi all. Esimese üksusena teenis jalaväerühm ESTPLA-1 Taani pataljoni DANBAT koosseisus ÜRO rahuvalvemissioonil Horvaatias. Järgnesid missioonid Lõuna-Liibanonis, Bosnia-Hertsogoviinas, Kosovos, Iraagis ja Afganistanis. Kahel viimasel missioonil on hukkunud mitu Eesti sõdurit ja allohvitseri.
Kaitseväe suurima õppuse, alates 2003. aastast korraldatava Kevadtormi eesmärgiks on harjutada üksuste koostööd jalaväebrigaadi raames ning hinnata erinevate väljaõppekeskuste võitlejatest koosnevat reservpataljoni. Õppus on ühtlasi reservi arvatavate ajateenijate küpsuseksam.
Eesti kaitsevägi on üles ehitatud reservarmee põhimõttel. Kaitseväes on rahuajal 5500 inimest, sh ligi 2000 ajateenijat. Kaitseväe plaanitud operatiivstruktuuri kuulub kuni 25 000 inimest. Operatiivstruktuuri täissuurus saavutatakse mobilisatsiooniga. Kaitseliidu 15 malevat liidavad 10 000 vabatahtlikku riigikaitses osalejat.